Che io sappia puoi usare
avidemux, che è un tool open source per l'editing e il recoding distream video e audio.
http://avidemux.sourceforge.net/E' un gran bel programma. Per Linux ci sono le librerie condivise, per Windows non so come funzioni la storia. Se non ci sono librerie statiche o che sono comprese nel programma puoi provare a scaricare il K-Lite Codec Pack:
http://www.filehippo.com/download_klite_mega_codecDovrebbe essere un link affidabile.
Poi, per quanto riguarda il DivX... di differenze non è che ce ne siano molte. Inoltre è un bel pezzo che non lo uso più. Ora in giro vanno per la maggiore codec come VMW9 o h264 (x264 è la versione open source), per non parlare del grande XviD, che è Open Source e supporta il decoding di DivX. Anche versioni lossless. Ho visto codifiche x264 1024x576 in lossless, in alta risoluzione, 25 fps, 27 minuti che occupavano a malapena 137MB. Roba da professionisti. Il rovescio della medaglia è che una codifica del genere porta via un sacco di processore. Ed è anche normale, perchè il x264 (o h264) utilizza grandi moli di calcoli matematici.
Se non devi fare per forza codifiche DivX ti consiglio di passare a x264 (o h264) o XviD. Sono entrambi formati Open Source ed in continuo sviluppo.